Die Gemeinde Hohenbrunn unterhält in ihrem Gemeindegebiet eine Grundschule mit zwei Schulhäusern, eine Mittelschule und eine Montessorischule.
Gleichzeitig ist die Gemeinde Mitglied im Zweckverband weiterführende Schulen im Südosten des Landkreises München, der zusätzlich noch weitere Einrichtungen in den Nachbargemeinden verwaltet.